Toyota decidió que 1999 era su último año en la especialidad, algo que sorprendió a muchos. Pues entonces había que dejar el mejor recuerdo en la categoría y qué mejor que un campeonato del mundo.
El francés Didier Auriol, compañero de equipo de Sainz, tuvo un poco más de suerte y al menos pudo alcanzar el rally de China, mientras que Carlos se quedaba con las ganas de ganar al menos una prueba. Puesto que consiguió segundos puestos en: Suecia, Portugal, Grecia y Australia, cuatro terceros puestos en: Safari, Córcega , Finlandia y China. Y abandonó en Montecarlo, Cataluña, San Remo y el RAC rally de Inglaterra.

Para alegría de los japoneses, entre ambos pilotos sumaron puntos suficientes para conquistar de manera holgada y anticipada el Campeonato de Marcas para Toyota. Sainz termina quinto en el mundial de pilotos mientras que Tommi Makinen se convirtió una vez más en la pesadilla de los otros competidores y con el Mitsubishi Lancer EVO VI consiguió, una fecha antes, el tetracampeonato del mundo.

Carlos en Acrópolis 1999